Nach seinem Abschluss an der Fakultät trat er eine Stelle an der renommierten Klinik für Kinderonkologie der Universitätsklinik Motol an. In dieser Zeit behandelte Dr. Pavel Boček schwer kranke Kinder in der Ambulanz oder auf der Transplantationstation. 1998 qualifizierte er sich für ein Stipendium in den USA, das von der amerikanischen Regierung organisiert wurde – das Fulbright-Stipendium an der University of Minnesota.
An der University of Minnesota beschäftigte er sich weiterhin mit Onkologie, aber auch mit Notfallmedizin und neuen Entwicklungen in der ästhetischen und korrigierenden Medizin. Er engagierte sich auch intensiv für eine korrekte, sachliche und menschliche Kommunikation mit Patienten. Zu dieser Zeit begann er auch seine umfangreiche Tätigkeit im karitativen Bereich. Bis heute engagiert er sich aktiv für den Verein Sluneční paprsek (Sonnenstrahl), der sich um Kinder mit Krebs oder anderen schweren Krankheiten sowie um Kinder aus Kinderheimen kümmert und für sie Erholungsaufenthalte im In- und Ausland organisiert.
Nach seiner Rückkehr in die Tschechische Republik kehrte Dr. Boček an die Universitätsklinik Motol zurück, wo er bis heute ein anerkannter Spezialist und Experte ist.
Gleichzeitig arbeitet er für Organisationen, die überdurchschnittliche medizinische Dienstleistungen für ausländische Touristen, Schauspieler und Persönlichkeiten während ihres Aufenthalts in der Tschechischen Republik anbieten. Dr. med. Pavel Boček behandelte beispielsweise Bruce Willis, Susan Sarandon oder Heidi Klum, ist aber auch ein gefragter Fachberater für ästhetische Medizin unter führenden tschechischen Unternehmern, Politikern und bekannten tschechischen Persönlichkeiten.